Love Hina a pour héros Keitarô Urashima, un garçon de 20 ans qui passe le plus clair du temps à dessiner. Très passionné, il attend chaque jour un succès auprès des filles, succès qui n'arrive jamais, bien entendu. Le jeune idéaliste prépare pour la troisième année consécutive le concours d'entrée dans la plus prestigieuse Univrsité japonaise, Tôdaï ( Tokyo Daigentsu ), malgré deux précédents échecs. A l'origine de cet entêtement, une émouvante promesse, échangée entre deux enfants amoureux. Alors que, dans l'insouciance propre à la jeunesse, ils envisageaient de grandir ensemble, la petite fille allait involontairement briser ce pacte et le coeur du petit Keitarô en suivant ses parents dans un déménagement qui l'emmena bien loin de ses rêves. Cependant, avant de se quitter, ils se firent le serment qu'un jour, ils se retrouveraient à Tôdaï...
Puis, au fil des années, Keitarô a progressivement oublié jusqu'à son visage et son nom, et il ne lui reste plus aujourd'hui que le souvenir de cet engagement auquel il se rattache de toutes ses forces. Il faut dire que depuis, outre les échecs scolaires, il n'a jamais eu de petite amie et reporte donc avec naïveté tous ses espoirs sentimentaux sur une hypothétique réussite au concours d'admission, en étant persuadé de retrouver à l'université la tendre petite fille à laquelle il fit la plus solenelle des promesse d'enfant... Cependant, ses parents, les de ses deux échecs successifs, ne semble plus vouloir assumer les frais qu'engendrent ses études et voient en la proposition de la grand-mère Hina, une occasion de le pousser à se prendre en charge.
Cette dernière, propriétaire de Hinata Sô, veut confier la gestion de sa résidence à son petit-fils. Les locataires y sont exclusivement des jeunes et jolies filles, étant donné que la pension leur est désormais réservée, chose que Keitarô ignore et ve apprendre à ses dépens... Ainsi, après une arrivée tulmuneuse, ce dernier va se faire accepter pour le moins difficilement en tant que << kanririn >> auprès des cinq locataires aux caractères bien affirmés : Motoko, Kitsune, Sû, Shinobu et la fougueuse Naru Narusegawa, avec laquelle une relation très particulière va s'instaurer.